7 häufige Buchhaltungsfehler bei E-Commerce-Unternehmen (und wie man sie vermeidet)

Wenn du ein E-Commerce-Unternehmen führst, weißt du: Es gibt jede Menge zu tun. Produkte einkaufen, Kundenanfragen beantworten, Werbeanzeigen schalten, Retouren abwickeln… Und dann ist da noch die Buchhaltung. Die wird oft unterschätzt – sogar von manchen Buchhalter:innen.

E-Commerce bringt eigene Herausforderungen mit sich, und mit klassischen Buchhaltungsmethoden kommt man da nicht weit. In diesem Beitrag zeige ich dir die häufigsten Fehler, die ich in der Buchhaltung von Onlineshops sehe – und natürlich auch, wie du sie vermeidest.

1. Shopify- oder Amazon-Auszahlungen als Umsatz buchen

Ein echter Klassiker: Du bekommst eine Auszahlung von Shopify Payments oder Amazon und buchst den Betrag als Umsatz. Klingt logisch – ist aber falsch. Denn diese Auszahlungen sind bereits nach Abzug von Gebühren, Rücksendungen und Rabatten. Du buchst also nicht den Umsatz, sondern den Nettobetrag.


Was du stattdessen tun solltest: Verwende Tools oder Exporte, die dir eine genaue Aufschlüsselung zeigen: Bruttoumsatz, Retouren, Plattformgebühren, Zahlungsgebühren… Nur so bekommst du wirklich Klarheit.

2. Umsatzsteuer bei internationalen Verkäufen falsch anwenden

Verkaufst du in mehrere EU-Länder? Dann gelten unterschiedliche Umsatzsteuersätze, Lieferschwellen – und idealerweise nutzt du das OSS-Verfahren. Viele Buchhalter:innen wenden jedoch einfach weiterhin deutsche MwSt. an.


Folge: Falsche Steuererklärungen oder sogar doppelte Zahlungen.


Tipp: Registriere dich für das OSS-Verfahren, wenn du europaweit verkaufst. Und stelle sicher, dass deine Buchhaltung erkennt, wohin du verkaufst.

3. Versandkosten nicht sauber trennen

Oft werden Versandkosten einfach als ein großer Posten gebucht – ohne zu unterscheiden, was der Kunde zahlt und was du tatsächlich an DHL, DPD & Co. überweist.


Warum das problematisch ist: Du weißt nicht, ob du mit dem Versand Gewinn machst oder draufzahlst.


Besser: Trenne Versandumsätze (vom Kunden gezahlt) und Versandkosten (an den Dienstleister gezahlt). So siehst du, wie rentabel dein Versand ist.

4. Warenbestand direkt als Kosten buchen

Wenn du für 10.000 € Waren einkaufst, ist das erstmal kein Aufwand, sondern ein Vermögenswert. Trotzdem wird dieser Betrag oft direkt als Kosten gebucht. Das verzerrt dein Ergebnis.


Problem: Dein Gewinn wirkt geringer als er ist – und du hast keinen Überblick über deinen Lagerwert.


Tipp: Führe eine saubere Lagerverwaltung ein (zur Not mit Excel). Noch besser: Verknüpfe dein Shopsystem mit deiner Buchhaltung und tracke deinen Bestand automatisiert.

5. Kosten nicht nach Vertriebskanal aufschlüsseln

Facebook Ads, Versandkosten, Amazon-Gebühren… landen häufig einfach alle unter „Marketing“ oder „Verkaufskosten“.


Nachteil: Du weißt nicht, welcher Kanal dir wirklich Gewinn bringt – oder nur Kosten verursacht.


Lösung: Nutze getrennte Konten oder Tags pro Kanal. So kannst du gezielt analysieren und optimieren.

6. Wechselkurse ignorieren

Wenn du in Dollar oder Pfund verkaufst (z. B. über Amazon.com oder PayPal), spielen Wechselkurse eine Rolle. Viele buchen einfach den Geldeingang – ohne Währungsdifferenz.


Ergebnis: Unstimmigkeiten in der Buchhaltung und kleine Fehler summieren sich.


Besser: Buche Wechselkursdifferenzen separat – dafür gibt es meist ein eigenes Konto in der Buchhaltungssoftware.

7. Alles manuell machen

Ganz ehrlich: Wenn du noch manuell Shopify-Exporte in deine Buchhaltung einträgst, machst du dir unnötig Arbeit – und öffnest Tür und Tor für Fehler.


Was du stattdessen tun solltest: Nutze Schnittstellen! Tools wie Lexoffice, sevDesk, JTL oder DATEV-Integrationen können deine Shop- und Zahlungsdaten automatisch übernehmen. Das spart Zeit und Nerven.

Buchhaltung im E-Commerce ist… anders. Und das ist völlig in Ordnung – solange man weiß, worauf man achten muss. Wenn du diese Fehler erkennst und behebst, wird deine Buchhaltung nicht nur korrekt, sondern auch ein echtes Steuerungsinstrument für dein Business.

Du bist dir nicht sicher, ob deine Buchhaltung wirklich e-commerce-tauglich ist?

Oder brauchst du einfach mal einen neutralen Blick von außen? Melde dich gern – ich schaue gerne mit dir drauf.

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